H EBU έφτασε σε συμφωνία με την Μαλτέζικη τηλεόραση PBS για την διοργάνωση της Eurovision Junior του 2016, καθώς η Μάλτα μετά την νίκη της στον διαγωνισμό του 2015 στον διαγωνισμό της Σόφιας με την Destiny Chukunyere και το τραγούδι “Not my soul”, θα διοργανώσει για 2η φορά τα 3 τελευταία χρόνια (την είχε διοργανώσει και το 2014) την Junior Eurovsion στην πρωτεύουσα της Βαλέττα.
Μαζί με την ανακοίνωση της διοργανώτριας χώρας ανακοινώθηκε και μια σημαντική αλλαγή στον διαγωνισμό, η μετάθεση του από το βράδυ Σάββατο στο απόγευμα Κυριακής. Ο λόγος που συμβαίνει αυτή η αλλαγή σύμφωνα με τον επικεφαλή της EBU, Jan Ola Sand, είναι ότι η μέχρι τώρα ημέρα και ώρα διεξαγωγής του διαγωνισμού δεν ευνοούσε την παρακολούθηση του από τα παιδιά και τις οικογένειες όπου απευθύνεται, και έτσι έπρεπε να βρεθεί μια ώρα που να ταίριαζε περισσότερο σε αυτού του τύπου διοργανώσεων. Έτσι ο διαγωνισμός θα διεξαχθεί την Κυριακή 20 Νοεμβρίου του 2016, ενώ περισσότερες λεπτομέρειες για την διοργάνωση θα ανακοινωθούν στην κοινή συνέντευξη τύπου που θα δώσουν οι υπεύθυνοι της EBU και της Μαλτέζικης τηλεόρασης τον Μάϊο στην Στοκχόλμη.
